题使读书明理之人为之不安，而高级官员由于负有治国平天下的重任，其不安尤为严重。按理说，他们所受到的教养，都要求发扬为公众服务的精神；然而一旦接触实际，这种精神常常只是海上神山，或者干脆销声匿迹。有时他们身上的自私苟且，还远过于不识字的愚氓。这种不安，或者由此发展而来的内心交战，需要有一种适当的方式来缓解排除。志趣相投的研究讨论，可以触发彼此的灵感，深入探索人生的真谛，俾使内心的不安涣然冰释。所以他们来往密切，集会商谈之余，还互相通信，刊印文集。李贽落发为僧以后，仍然经常外出旅行，参加这些活动。在当时，还谈不上旅费用必须报销，或者演讲应当收入费用，这些问题都可以根据习惯，在往来交际之间安排妥贴。以李贽的名望，加上化缘和尚的恣态，他已经用不着再为经济问题而踌躇。
他和耿定向的辩论，促成和巩固了他要求个人自由的信念。多年之后，他仍把这次辩论视为生命中一个重要的转折点。
1580年，李贽在姚安辞官离任后，就搬到湖广黄安，在耿家充当门客而兼教师。这时耿定向的父亲去世不久，兄弟4个都在家里丁忧守制。这4个人中，李贽和二兄耿定理的交往特别密切。有人误以为他们两人在思想上比较一致，其实不然。他们之间的差异，较之李贽和长兄耿定向之间的差异还要大得多。耿定理天资聪颖，同时也是一个诚实的人。如果他发现“四书”“五经”中的理论和他自己的思想有所冲突，他就不能轻易放过，人云亦云。这种矛盾带给他的苦恼，也促使他思索，有时候会独自一人在深山穷谷之中徘徊。最后，他终于“豁然贯通”，确认儒家的仁就是无我主义，一个人成为圣人，则是把自我之有化而为无，进入寂灭的境界，以致“无声无臭”。这种高悬在空中的理想主义，只能深藏于内心，不能应用于现实，并发展而成为伦理和道德的标准。所以在实际生活中，耿定理从来没有应考，也从来没有做官。然而李贽则认为“穿衣吃饭，即是人伦物理”，这无疑与耿定理的思想判若水火。他们之所以能和睦相处，不在于耿定理学术理论上的弹性，而在于他性格的柔和轻松。他经常以禅宗式的机锋，避开辩论中的正面冲突，而以表面上毫不相关的语言，来表示自己的意见，使辩论的对手在思索之后被迫折服。因为他认为自己所掌握的真理，基于识见渊博；如果坚持片面的执拗，就等于放弃了宽阔的胸襟。因此，当耿定理在世之日，总是能够用他特有的方式调解他长兄和李贽之间的冲突。
在思想史上，长兄耿定向最易为历史学家所误解。他的朋友和论敌李贽，把他说成一个伪君子；而黄宗羲的《明儒学案》，也指出他思想上前后不符。然则很少有人能看到，这位哲学家同样是在竭力地探求一种既有形而上的根据，又能融合于日常生活的真理。他接受佛家和道家的哲理，认为至善至美属于虚无，但另一方面，却又认为任何信条如果不能在愚夫愚妇面前宣讲明白，则不成其为信条。经过多方考虑，他提出，人的理智有深有浅，有粗有细，有的集中，有的分散；在社会生活中，政治与农业不同，农业又与商业不同。基于这样的分析，他已经开始指出了伦理道德的理，应当与物理、地理的理有所区别，因此施政的标准也应当与哲学思想有所区别。这种理论，为当时持一元论的宇宙观者所不能接受。他和李贽的冲突也无可避免，因为两个人都准备把自己的理论体现于行动之中。于是李贽指斥耿定向为不诚实，言行不一；耿定向则指斥李贽以立异为标榜，立异的目的还是立异，所谓放浪形骸，无非是为了博取超凡脱俗的美名。
耿定理在1584年去世。同年耿定向被召回北京任左佥都御史。他在信里提出李贽迷误耿氏子弟，这种指责促使李贽迁居麻城。多年以后，他还认为这是耿定向有意识地给他以个人侮辱。
李贽好强喜辩，不肯在言辞上为人所屈，在做官的时候也经常与上司对抗。和耿定向闹翻之后，他更为重视自己的独立不羁。按本朝的习惯，退休的官员被称为“乡官”，也就是意味着他仍然具有官员的身分，要受地方官的节制。地方官可以邀请他协助处理有关的事务，也可以邀请他参与重要的典礼。这种权利和义务，在别人或许会引以为荣，而在李贽则是精神上的压力。他说：“弃官回家，即属本府本县公祖父母管矣。来而迎，去而送；出分金，摆酒席；出轴金，贺寿旦。一毫不谨，失其欢心，则祸患立至。”剃发为僧，除了避免亲族的纠缠以外，摆脱这些牵制也是一个重要的因素。
李贽虽然身入空门，却没有受戒，也不参加僧众的唪经祈祷。他喜爱清洁成为癖好，衣服一尘不染，经常扫地，以至“数人缚帚不给”。在很多方面，李贽保持着官僚学者的生活方式。例如，即使是短距离的外出，他仍然乘轿；对于书本不愿亲自阅读，而是让助手朗诵以省目力。
退休以后的十几年，李贽主要的工作是著述。他的著作大部分都在生前刊刻印行，芝佛院中有一间屋子专门堆放书板。著作的内容非常广泛，包括儒家经典的阐释、历史资料的观察、文学作品的评论以及伦理哲学的发挥，形式则有论文、杂说、诗歌、书信等等。但是涉及面虽然广泛，却并不等于具有多方面的精深造诣。他写作的历史，对史实没有精确的考辨，也没有自成体系的征象，大段文章照史书抄录，所不同的只是按照自己的意见改换章节，编排次序，再加进若干评论。在接触小说的时候，他所着眼的不是作品的艺术价值和创作方法，也就是说，他不去注意作品的主题意义以及故事结构、人物描写、铺陈穿插等等技巧。他离开了文学创作的特点，而专门研究小说中的人物道德是否高尚，行事是否恰当，如同评论真人实事。再则，即使是阐述哲学理论，也往往只从片段下手，写成类似小品文，而缺乏有系统的推敲，作为结构谨严的长篇大论。惟其如此我们对于当日的士人将“李氏《藏书》、《焚书》人挟一册，以为奇货”，就大多感到难于理解。
要正确认识此中关系，务需探求李贽的写作目的。他的各式各样的著作，无非异途同归，其着眼在把读书人的私人利益与公众的道德相融合。从这点出发，他的写作，有如使用各种乐器演奏同一支交响曲。公私冲突之中能否设法调和？如果他还没有做出恰当的答案，至少已经提出了这个问题。这是一个迫切的问题，对读书人来说，足以影响他们良心与理智的完整性。李贽自身的经历，使他对问题的认识更为深刻，表达更为有力。所以，他的著作仍能获得读者的欣赏。其中衷曲，在一封写给耿定向的信里发挥得淋漓尽致：
“试观公之行事，殊无甚异于人者。人尽如此，我亦如此，公亦如此。自朝至暮，自知识以至今日，均以耕田而求食，买地而求种，架屋而求安，读书而求科第，居官而求尊显，博风水以求福荫子孙。种种日用，皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者。及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他；我怜东家之饥矣，又思西家之寒难可忍也；某等肯上门教人矣，是孔孟之志也；某等不肯会人，是自私自利之徒也；某行虽不谨，而肯与人为善；某等行虽端谨，而好以佛法害人。以此而观，所讲者未必公之所行，所行者又公所不讲，其与言顾行、行顾言何异乎？以是谓孔圣之训可乎？翻思此等，反不如市井小夫身履是事，口便说是事，作生意便说生意，力田者便说力田，凿凿有味，真有德之言，令人听之忘厌倦矣。”
李贽的难言之隐在于他强烈地抨击了这些人物以后，他还是不得不依赖这些被抨击者的接济而生活。他们的言行不一是一种普遍的社会现象，耿定向不过是比较显著的例子而已。李贽本人也没有与此绝缘，这就常常使他在对别人作了无情的指责以后，自己感到内疚而稍敛辞锋。只有当他被别人截击，已经无法退避，他的感情才如长江大河，一发而不可收拾。
在同辈的人物中，李贽虽然享有比别人更多的自由，但是他终究没有找到他最企盼的独立地位。这种困难和冲突迫使他继续写作，笔下内容仍然不能越出这一问题的范畴。这种情况，连同情他的袁中道也为之不解：既然由于对官僚政治不满而绝意仕进，那就理当息机忘世，以文墨自娱；可是写来写去，还总是和官僚政治有关，加之名望越来越大，“祸逐名起”，这就无怪乎招致杀身之祸了。
李贽和耿定向的争论，基于人性的善恶。这个问题所涉及的方面非常广泛，需要从中国哲学史中找出全面的解答。
问题可以追溯到公元前5世纪的春秋时代。孔子没有提到性善或者性恶。他学说中的核心是“仁”。“仁”可以为善，一个君子的生活目的就在合于“仁”的要求。
究竟哪些成分构成了仁，孔子没有明确直接的答复。《论语》一书中，仁字凡六十六见，但从来没有两处的解释相同。一般来说，仁与慈爱、温和、恻隐、以天下为己任等等观念相通。然而在不同的场合，孔子又赋予仁以不同的概念：“己所不欲，勿施于人”的自我克制，言辞谨慎、按照礼仪行事，都可以算作仁或者接近于仁；出于环境的需要，一个人牺牲自己的生命，也叫做“杀身以成仁”。仁是最容易获得的品质，任何人有志于仁，就可以得到仁。但是仁也是最难保持的品质，即在圣贤，例如孔子自己，也难能始终不断地不违反仁。
后世的读者，必须把这些互不关连的语录再三诵读，再三思索，才有可能理解它的真实内涵。综合来说，温和有礼，慷慨大方是仁的初级阶段。在向更高阶段迈进的过程中，又必须把自己的思想与言行统统纳入它的规范之内，经过不断的积累而可以到达去私，最终到达无我。这样，仁就是一种强迫性的力量、行动的最高准则、超越人世间的品质，也是生活唯一意义之所在，简直和道家的“道”殊途而同归。
《论语》中这66条有关仁的语录，为孔子的学说安排了形而上的根据，成为儒家一元论宇宙观的基础。这种学说虽然没有直接指责自私的不合理，但已属不言而喻。因为所谓“自己”，不过是一种观念，不能作为一种物质，可以囤积保存。生命的意义，也无非是用来表示对他人的关心。只有做到这一点，它才有永久的价值。这种理想与印度的婆罗门教和佛教的教义相近。印度的思想家认为“自己”是一种幻影，真正存在于人世间的，只有无数的因果循环。儒家的学说指出，一个人必须不断地和外界接触，离开了这接触，这个人就等于一张白纸。在接触中间，他可能表现自私，也可能去绝自私而克臻于仁。
按照孔子的看法，一个人虽为圣贤，仍然要经常警惕防范不仁的念头，可见性恶来自先天。然而另一方面，既然每个人都有其发扬保持仁的本能，则同样可以认为性善出于天赋。
孔子去世以后约150年，性善说才首次被明确提出。孟子曾经斩钉截铁地说：“人之性善也，犹水之就下。人无有不善，水无有不下。”孔孟之间的不同论调，反映了社会环境的变化。孔子的目标，在于期望由像他一样的哲学家和教育家来代替当时诸侯小国中世袭的卿大夫。孟子却生活在一个更加动荡的时代里，其时齐楚之间的王国，采取了全民动员的方式互相争战。这种情形不再允许哲学家以优闲的情调去研究个人生活的舒畅和美。孟子的迫切任务，在于找到一个强者，这个强者应当具有统一全国的条件，并且能接受儒家学说作为这一大业的基础。他企图以雄辩的言辞说服他的对象，引导他和他的廷臣回到善良的天性之中，有如引导泛滥的洪水归于大海，以避免一场杀人盈野的浩劫。
孔孟之道战胜了诸子百家的理论，从汉朝开始，就成为统治全国的指导思想。时代愈是往前发展，统治者对它的依赖程度也愈大。到10世纪以后，也就是唐宋两代，中国经历了一次巨大的变化：经济的重心，由华北旱田地带移至华中和华南的水田地带。随之产生的显著后果，则是内部的复杂性相继增加。官僚阶层过去为豪门大族所垄断，至此改变而为与绅士阶层相表里。军队中的将领逐渐失去了左右政治的力量，文官政治确立为统治帝国的原则。这种多方的改变，使集权的中央政府不得不创立新的哲学理论，以维系社会上成千上万的优秀分子，即读书的士人。这些士人就是绅士阶层，和以前的门阀士族比较，人数多，流动性大，生活面和知识面也远为广阔。以此，儒家单独的伦理性格已经不能完全适应时代的需要，而必须掺和理智上的新因素，才能适应于新的环境。
针对这种需要，很多学者不断把孔孟的著述加以新的注释，而把这些注释综合调和以构成一种思想系统的，则是宋代的大儒朱熹。他是孔孟以后儒家学派中最有影响的思想家，死后被尊为贤人。他对儒家的经典的论述具有权威性，他的《四书集注》，是明朝、清朝两代士人规定的教科书，也是科举考试的标准答案。
他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”，有时甚至被认为有“科学”的根据。朱熹对过去的历史和哲学著作熟读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则，而且彼此印证。其学说的基础，乃是宇宙和人间的事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为不同的“物”。这所谓“物”，包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝悌忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一元论的宇宙观。因为他们认为，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有的特性，就是因为它和事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作。运用这样的观点，朱熹把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为两者都是“郁积之气”企图发散。
孔子的仁，孟子的性善论，乃至中国社会传统的组织和习惯，都被朱熹视为“天理”。但是人可能违反天理，因为各人秉气不同，有清有浊。如果浊气抬头，天理就被“人欲”所取代。补救的办法是“格物”，也就是接触事物和观察、研究事物。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”通过格物，可以使人发现天理。
事实上，朱熹所使用的方法并不是归纳法，也很难说得上科学性。用类比以说明主题，是战国时代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其实人性与水性并没有联系，所谓有相似，不过是存在于孟子的主观之中。朱熹的格物，在方法上与之相同。在很多场合之下，他假借现实的形态以描写一种抽象的观念。他认为一草一木都包涵了“理”，因此他所格的“物”包括自然界。在他看来，传统的社会习惯，乃是人的天赋性格。但是他在作出结论时，却总是用自然界之“理”去支持孔孟伦理之“理”。这也就是类似之处代替逻辑。
对朱熹的思想系统，可以从不同的角度批判。其中重要的一个方面是，假如人之愚顽不肖，如他所说在于气浊，则这种生理性的缺点就应当采取机械性的方式补救，例如着眼于遗传，或者如道家的注重吐纳。然而朱熹反对这样的办法。他认为这些气浊的人应该接受教育，经过不断的努力，才可能接近真理。这样一来，朱熹之一个全体的、有组织的宇宙，已成问题，即伦理之理有别于物理之理。
大凡高度的概括，总带有想象的成分。尤其是在现代科学尚未发达的时代，哲学家不可能说明宇宙就是这样，而只能假定宇宙就是这样。在这一点上，朱熹和其他哲学家并无区别。既然如此，他所使用的方法就是一种浪费。他的格物，要求别人接触植物、地质、历史和地理等各个学科，但目的不在于这些学科的本身上追求真理。因为对任何问题，他的结论已作出于观察之先，而且作出这些结论的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人们就不能不产生疑问：这种博学多闻是否有确切的需要，也就是说，朱熹的成就，是否能和他付出的精力相当？
朱熹治学的方法可谓“支离”。避免这样支离，另有捷径。此即以每一个人自己的心理，作为结构宇宙的工具，而所谓心理，即包括视觉和听觉，也包括直觉和灵感。宇宙的自然法则和社会的伦理道德合为一体，很难获得实证，但在心理上却可以不言自明。宇宙的伟大与完美，无须有赖分析，就可以在个人的心理上引起合群为善的精神，从而自然而然地领悟到社会道德的真谛。其最高境界，可以使人摆脱日常生活的忧虑，心灵上达到澄澈超然。持这种看法的人，常说“将发未发之际”也就是杂念冰消、情绪宁静之际，此时视觉、听觉、触觉还没有全部开动，而是凭个人直觉可以领会到宇宙间一种无可形容的美感。
以这种方法治学是为“心学”，和朱熹的“理学”相对。心学派反对理学派累赘的格物致知，提倡直接追求心理的“自然自在”；理学派则认为心学派也大有可以非议之处：宇宙的真实性如果存在于人的心中，任何人都可以由于心的开闭而承认或者拒绝这一真实性。这样，世间的真理就失去了客观的价值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的“道”、释家的“无”也很难再有区别。一个人可以用参禅的方式寻求顿悟，顿悟之后，所获得澄澈超然的乐趣仅止于一身，而对社会的道德伦理则不再负有责任。耿定理的终身不士就是一例。再则，儒家的经典一贯是士大夫行动的标准和议论的根据，而心学一经风行，各人以直觉为主宰，全部经典就可以弃置不顾。李贽全凭个人的直觉和见解解释经典又是一例。
如果知识分子放弃了正统的儒家观念，则王朝的安全会立即受到威胁。知识分子在政治上是政府中的各级官员，在经济上是中等以上的地主，因而也是这个社会的真正主人。而正统的儒家观念又是维系他们的纽带，除此而外，再无别的因素足以使他们相聚一堂，和衷共济。所以李贽在晚年被捕入狱，虽然也被指控为行为不检，但审判官在审讯的时候对此并不斤斤计较，所注意的乃是他“惑世诬民”的著作。李贽本人也早就预感到了这一点。他把他的一部著作题为《焚书》，意思是早晚必将付之一炬；另一部著作题为《藏书》，意思是有干时议，必须藏之名山，等待适当的时机再行传播。
李贽与耿定向决裂以后，随即公布了他写给耿定向的函件，指斥他的虚伪。耿定向以眼还眼，如法炮制，也把他写给另一位朋友的信广为抄传，信上说：“昔颜山农（颜钧）于讲学会中忽起就地打滚，曰：‘试看我良知！’士友至今传为笑柄。”在这一似乎是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李贽的种种古怪行为，无非是就地打滚之意，目的在于不受拘检，参会禅机。但是耿定向又不无恶意地提到，李贽曾经强迫他的幼弟狎妓，还提到李贽有一次率领僧众，跑到一个寡妇的卧室里化缘。在耿定向看来，这些放荡的行为，也是李贽以良知为主宰，寻求顿悟的方法，与颜山农的就地打滚无异。
李贽在1587年对这种攻击作出答辨。除了关于寡妇的事件以外，他对自己的不拘形迹毫不掩饰。最值得注意的是他对“就地打滚”的评论。他说，他从来没有听到过这一故事，如果真有这件事，只证明颜山农确实参透了“良知真趣”。他又说：“世间打滚人何限？日夜无休时。大庭广众之中，谄事权贵人以保一日之荣；暗室屋漏之内，为奴颜婢膝事以幸一时之庞。无人不滚，无时不然，无一刻不打滚。”当一个人真能领悟到打滚的真趣，则另有境界，此即“当打滚时，内不见己，外不见人，无美于中，无丑于外，不背而身不获，行庭而人不见，内外两忘，身心如一。难矣，难矣！”他认为耿定向的耻笑无损于颜山农，“即千笑万笑、百年笑千年笑，山农不理也。何也？佛法原不为庸众说也，原不为不可语上者说也，原不以恐人笑不敢说而止也”。
以上一段公案，可以看作当时心学派反对理学派的一个事例。李贽与耿定向的个性不同，但是他们之间互相嘲讽侮弄，已经超出了个性的冲突。其中的微妙之处，乃是耿定向并不属于正统的理学派，而是和李贽同属心学派中的泰州学派。仅仅在攻击李贽“未信先横”这个问题上，他的立场近似于理学派。
心学的发展在明代进入高潮。由于王阳明的创造发挥，这种思想已经形成一个完整的系统。王阳明原来也属于朱熹的信徒，据他自己说，他曾经按照朱熹的方法格物，坐在竹子之前冥思苦想。但是格来格去，始终没有格出一个所以然，自己反而为此病倒。这个故事反映了他相信物质之理和道德之理相通，但是他没有接受理学的类比方法。既然此路不通，他就另辟蹊径，最后终于悟出一个道理，即宇宙间各种事物的“有”，完全出于个人问题上的反映，比如花开花落，如果不被人所看见，花就与心“同归于寂”。所谓天理，就是先天存在各人心中的、最高尚的原则。忠孝是天理，也是心中自然而然产生的观念。
王阳明受过佛家思想的影响，他的宇宙观也属于一元论。他的所谓“良知”，是自然赋予每一个人的不可缺少的力量。它近似于我们常说的良心。但是良知并不能详尽知悉各种事物的形态功用，具有这种知悉作用的是“意念”。良知只是近似于意念的主宰者，可以立即对意念作出是非善恶的评判。他思想系统中还有一个主要方面，就是对因果关系的重视。在他看来，一件白的物体乃是因，在观察者的心中产生了白色的感觉才是果。这种对因果关系的理解推导出了他的“知行合一”说。他认为，知识是一种决断，必定引起一种行动。一个人见到美色就发生爱慕，闻到臭味就发生厌恶，见和闻是“知”，爱慕和厌恶则为行，前者立即产生后者。所以在王阳明看来，“致良知”是很简单的，人可以立时而且自然地“致良知”，但是不断地按照良知行事就很困难。这和孔子关于“仁”的学说颇为相似：凡人立志于仁就要以得到仁，但是每日每时都不违背仁，即在圣贤也不易做到。
王阳明并没有为真理而真理的倾向。和朱熹一样，他的目的也在于利用他的思想系统，去证实他从小接受的儒家教条，以求经世致用。他的方法较之朱熹更为直接，然而这里也埋伏着危险。如果一个人把王阳明的学说看成一种单纯的方法，施用于孔孟教条之前，就可能发生耿定向所说的“未信先横”，以为自己的灵感可以为真理的主宰。其后果，则可以由于各人的个性和背景而趋向于泛神主义、浪漫主义、个人主义、自由主义、实用主义，甚至无政府主义。这也就是王学的危险之所在。它存在着鼓励各人以自己的良心指导行动，而不顾习惯的道德标准这一趋向。1587年，李贽就走到了这条道路的交叉点。
几个世纪以后，对李贽的缺点，很少有人指斥为过激，而是被认为缺乏前后一致的完整性。他的学说破坏性强而建设性弱。他没有能创造一种思想体系去代替正统的教条，原因不在于他缺乏决心和能力，而在于当时的社会不具备接受改造的条件。和别的思想家一样，当他发现自己的学说没有付诸实施的可能，他就只好把它美术化或神秘化。
李贽的学说一半唯物，一半唯心，这在当时儒家的思想家中并非罕见。这种情形的产生，又可以追究到王阳明。
王阳明所使用的方法简单明白，不像朱熹那样的烦琐累赘。但是在他的体系里，还存在着一些关键的问题，例如良知的内涵是什么？良知与意念的关系，是从属还是并行，是调和还是排斥？他应该直接的说良知是一种无法分析的灵感，有如人类为善的可能性属于生命中的奥妙。但是王阳明不如此直截了当。他又含糊地说，良知无善无恶，意念则有善有恶。这些问题，为他的入室弟子王畿作出断然的解答：一个人企图致良知，就应当摈绝意念。理由是，人的肉体和思想，都处于一种流动的状态之下，等于一种幻影，没有绝对的真实性。所以意念乃是枝节性的牵缠，良知则是永恒的、不借外力的存在。良知超越于各种性格，它的存在寓于无形，有如灵魂，既无年龄性别，也无籍贯个性，更不受生老病死的限制。按照王畿的解释，良知已不再是工具而成了目的，这在实际上已经越出了儒家伦理的范围，而跨进了释家神学的领域。李贽在北京担任礼部司务的时候，经常阅读王阳明和王畿的书，之后他又两度拜访王畿，面聆教益。他对王畿备加推崇，自称无岁不读王畿之书，亦无岁不谈王畿之学，后来又主持翻刻了王畿的《文抄录》，并且为之作序。
按照王畿的学说，一个人就理应集中他的意志，放弃或简化物质生活，避免环境的干扰，以达到无善无恶的至高境界。然则一切的真实性既然只存在于心中，则所谓放弃、简化与避免，也无须见诸行动，而只是存在于精神之中。一个人不存在恶念，也就不会见恶闻恶，更彻底地说，就是世界上根本不存在恶。基于这种的立场和信念，李贽对耿定向的攻击不屑一顾。耿定向说他狎妓，李贽就承认他确实在麻城“出入于花街柳市之间”。但是这种世俗所认为不对的行为在无善无恶的领域中，不足成为指责的根本。在李贽看来，他的行为不过是佛家的“游戏三昧”，道家的“和光同尘”。因之他以“无善无恶”作为标帜，硬是不肯认错示弱，另一方面李贽则并不认为这种自由系每个人都能具有，而只是进入了无善无恶境界的优秀分子的特权。这种优越感，在他的著作中经常流露。
李贽又有他的另一面。当他说到“穿衣吃饭即是人伦物理”，他又站到了王艮这一边。王艮是泰州学派的创始人，也是王阳明的信徒。很多历史学家认为，王艮把王阳明的学说推广而成为“群众运动”，这可以算得是一种历史的误会。因为在明代社会里，并不存在以哲学领导群众运动的可能；如果存在这种可能，与之相联系的历史因素势必引起剧烈的变化，但事实上毫无这种迹象。然则王艮确实在比较广泛的范围里传播了王学，他所说的“百姓日用即道”、“百姓日用条理处，即是圣人之条理处”，又正是王学的发挥。因为王阳明的知行合一说，其宗旨在于知圣人之道，行圣人之志。李贽虽然渴望自由，然而他不能超然物外，对这样堂皇的旗号无动于衷。因此，以学术的流派而论，他始终被认为属于泰州学派。
在第三位姓王的影响之下，李贽重视物质，也重视功利。他仍然不断地提到“心”，但是这已经不是就地打滚、无美于中无丑于外的心，而是考虑到日常需要的心。因为自己有所需要，就推知别人也有同样的需要，这就是孟子所谓“他人有心，予忖度之”。在这些场合中，他的思想已经脱离了形而上学的挂碍，而是以日用常识作为基础。这种态度在他评论历史时尤为明显。
李贽的历史观大多符合于传统的看法，比如他确认王莽为“篡弑盗贼”，指斥张角为“妖贼”。在他看来，历史的治乱，既循环不断，又与“文”“质”相关联。一代人君如果专注于“文”而使之臻于极致，则已经开了祸乱之基；反之，息乱创业之君，则专注于“质”，只求使百姓免于饥寒而不去顾及是否粗粝。这种认为文化与生活水平和国家安全不能相容的看法，是中国传统历史的产物，也是官僚政治的特点。李贽自然无法理解，用中央集权的方式，以为数众多的官僚治理亿万农民，就要求整齐划一、按部就班，不能鼓励特殊分子或特殊成分发展新的技术或创造新的法则。在他所处的时代，文官集团业已丧失了发展技术的可能，也没有对付新的历史问题的能力。社会物质文明（即李贽所谓“文”）往前发展，而国家的法律和组织机构不能随之而改进，势必发生动乱。受到时代的限制，李贽认为历史循环之无法避免，乃是命运的安排，几乎带有神秘的力量，所以也不必再白费心力去寻找任何新的解决方案。这样来看，李贽的唯心论并不彻底，因为他承认了客观的真实性，治乱兴亡并不决定于人的主观，当然更不承认，所谓人心不在，治乱就不成其为治乱这样的理论了。
君主一生事业的成败既为历史循环的后果，李贽对于历代君主的评论，也只是着重于他们适应时代的识见和气魄。对于“天下之重”的责任，李贽则认为应该由宰辅大臣来承担。他所期望于大臣的，是他们的执政的功绩而不是道德的言辞。一个奇才卓识的人，在为公众的福利作出贡献的过程中，决不能过于爱惜声名，因而瞻前顾后，拘束了自己的行动。他可以忍辱负重，也可以不择手段以取得事业上的成功。这种舍小节而顾大局的做法被视为正当，其前提是公众的利益为归依，而在伦理上的解释则是公众道德不同于私人道德，目的纯正则不妨手段不纯。李贽的这些方面的看法，和欧洲哲学家马基雅弗利（Machiavelli）极其相似。
李贽重视历史上对财政经济问题有创造性的执政者。他推崇战国的李悝、汉代的桑弘羊、唐代的杨炎，但是对宋代的王安石却缺乏好感。这当然并非因为王安石在道德上遭到非议，而是因为他的才力不逮他的宏愿，“不知富强之术而必欲富强”。与上述的论点相联系，李贽更为大胆的结论是一个贪官可以为害至小，一个清官却可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞过于拘泥于传统的道德，只是“万年青草”，“可以傲霜雪而不可以任栋梁者”。对于俞大猷和戚继光，李贽极为倾倒，赞扬说：“此二老者，固嘉、隆间赫赫著闻，而为千百世之人物者也。”在同时代的人物中，他最崇拜张居正，称之为“宰相之杰”，“胆如天大”。张居正死后遭到清算，李贽感到愤愤不平，写信给周思敬责备他不能主持公道，仗义执言，但求保全声名而有负于张居正对他的知遇。
李贽和耿定向的冲突，许多当代的哲学史家把原因归之于他们经济地位的不同。李贽属于地主阶级的下层，所以他对传统有反抗的倾向；耿定向是大地主，所以偏于保守。
这种论点缺乏事实的根据。耿家在黄安确实是有声望的家族，但是李贽的后半生，却一直依附于这样的家族而得以维持相当优裕的生活。他与耿定向决裂以后，随即投奔麻城周家，依靠周思敬和周思久。这周家作为地主望族，较之耿家毫无逊色，何况两家又是姻家世好。另外还有梅家，其社会地位也与耿、周二家相埒。当年麻城（黄安初属麻城，1563年始分治）士人进学中举，几乎为这三家包办。在麻城的时候，李贽还和梅国桢过从甚密，梅国桢后来为《焚书》写作了序言。在晚年，李贽又和漕运总督刘东星有极深的交往。刘东星为沁水人，不仅自己身居高位，而且把女儿嫁给了山西阳城的大族王家，成了户部尚书王国光的姻亲。在盛名之下，甚至连亲藩沈王也对李贽感觉兴趣，邀请他去作客。李贽托言严冬不便就道，辞谢未赴。他的最后一位居停为马经纶。此人官居御史，家住通州，赀财富有。他特意为李贽修造了一所“假年别馆”，并且拨出果园菜圃和另一块土地，雇人耕种，以收入作为其客居的供应之资。在李贽的朋友辈之中，惟有焦竑家道清贫，但却无妨于这一家在上层社会中的地位。总之，李贽所交往的人都属于社会的上层，而且是这个阶层中的优秀分子。
李贽本人的著作以及有关他的传记资料，从来没有表示出他有参加任何群众运动的痕迹或者企图。他对于工业农业的技术改进和商业的经营管理都毫无兴趣。他的所谓“吃饭穿衣即是人伦物理”，不过是要求高级的官僚以其实际的政绩使百姓受惠，而不是去高谈虚伪的道德，崇尚烦琐的礼仪。但这并不表示李贽自己有意于实践，而只能表示他是一个提倡实践的理论家。至于他对女性的看法，也常常被后人误解。他不承认女性的天赋低劣，在他看来，历史上有一些特殊的女性甚至比男人还要能干，比如他就屡次称颂武则天为“好后”。但是赞扬有成就的女性，并不等于提倡男女平权，宣传妇女解放。一个明显的证据是李贽对寡妇的守节，其褒扬仍然不遗余力。
十分显然，李贽没有创造出一种自成体系的理论，他的片段式的言论，也常有前后矛盾的地方。读者很容易看出他所反对的事物，但不容易看出他所提倡的宗旨。
但是这种前后不一并不能算做李贽最大的缺点。有创造力的思想家，在以大刀阔斧的姿态立论的时候，也不是不能见到自相矛盾的地方。卢梭倡导的个人自由，在他的铺张解说之下，反而成了带有强迫性的为公众服务的精神。李贽的这种矛盾，在古今中外并非罕见。
如果把李贽的优越感和矫饰剔除不计，那么，他的思想面貌还是不难于认识的。他攻击虚伪的伦理道德，也拒绝以传统的历史观作为自己的历史观，但是在更广泛的范围内，他仍然是儒家的信徒。芝佛院内供有孔子像，他途经山东，也到曲阜拜谒孔庙。在李贽看来，儒家的“仁”、道家的“道”和佛家的“无”彼此相通，他攻击虚伪的道德，但同样不背弃道德。
在一种社会形态之中，道德的标准可以历久不变，但把这些标准在生活中付诸实践，则需要与不同的时代、环境相适应而有所通变。李贽和他同时代的人物所遇到的困难，则是当时政府的施政方针和个人的行动完全凭借道德的指导，而它的标准又过于僵化，过于保守，过于简单，过于肤浅，和社会的实际发展不能适应。本朝开国二百年，始终以“四书”所确定的道德规范作为法律裁判的根据，而没有使用立法的手段，在伦理道德和日常生活之间建立一个“合法”的缓冲地带。因为惟有这种缓冲地带才能为整个社会带来开放的机能，使政府的政治措施得以适合时代的需要，个人独创精神也得以发挥。
这种情况的后果是使社会越来越趋于凝固。两千年前的孔孟之道，在过去曾经是领导和改造社会的力量，至此已成为限制创造的牢笼。在道德的旌旗下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分，无怪乎李贽要概乎言之：“其流弊至于今日，阳为道学，阴为富贵！”
如果李贽在某种程序上表现了言行的一致，那么唯一合理的解释也只是他在追求个性与行动的自由，而不是叛离他衷心皈依的儒家宗旨。李贽弃官不仕，别妇抛雏，创建佛院，从事著作，依赖官僚绅士的资助而生活，一直到他在法官面前坚持说他的著述于圣教有益无损，都不出于这样的原则。
对现状既然如此反感，李贽就对张居正产生了特别的同情。我们无法确知李贽和张居正是否见过面，但是至少也有共同的朋友。李贽的前后居停，耿定向和周思敬，都是张居正的亲信。耿定向尤为张居正所器重，1578年出任福建巡抚，主持全省的土地丈量，乃是张居正发动全国丈量的拭探和先声。两年之后，张居正以皇帝的名义发布了核实全国耕地的诏书，意图改革赋税，整理财政。这是张居正执政以来最有胆识的尝试，以他当时的权力和威望，如果不是因为突然去世，这一重大措施很可能获得成功。
张居正少年时代的课业，曾经得到当地一位官员的赏识。此人名李元阳，字中（奚＋谷）。他的一生与李贽极为相似：在中年任职知府以后即告退休，退休以后也以释门弟子而兼儒家学者的姿态出现。据记载，他和李贽曾经见过面。
由于李元阳的影响，张居正早就对禅宗感到兴趣。这种兴趣促使他在翰林院供职期间就和泰州学派接近，并且阅读过王艮的著作，考虑过这种学术在政治上实用的可能性。也许，他得出的最后结论是，这一派学说对于政治并不能产生领导作用。也有人指斥张居正因为要避免学术上的歧异而施用政治上的迫害，最显著的例子是把泰州学派中的佼佼者何心隐置之于死地，但李贽则力为辩护，认为何心隐之死与张居正无关。
然则，张居正用什么样的理论来支持自己的胆识和行动？他的施政方针，即便不能算偏激，但是要把它付之实现，必须在组织上作部分的调整和改革。而文官集团所奉行的原则，却是严守成宪和社会习惯，遏制个人的特长，以保持政府和社会的整体均衡。张居正在理论上找不到更好的学说，就只能以自己的一身挺立于合理和合法之间，经受来自两方面的压力。他声称己身不复己有，愿意充当铺地的席子，任人践踏以至尿溺，这正和李贽所说不顾凡夫俗子的浅薄批评相似。张居正写给李元阳的信，引用了《华严悲智偈》中的“如入火聚，得清凉门”两句偈语，也就是说一当自己把名誉的全毁置之度外，就如同在烈火之中找到了清凉的门径。这显然又是心学派的解释：对于客观环境，把它看成烈焰则为烈焰，看成清凉则为清凉。
张居正在政治上找不到出路，其情形类似于李贽在哲学上找不到出路。创造一种哲学思想比较容易，因为它是哲学家个人意识活动的产物。但是宣布一种政治思想，以之作为治国的原则，其后果则为立竿见影，它必须在技术上符合现状，才能推行无碍。在本朝的社会中，儒家的仁，类似于宪法的理论基础。全国的读书人相信性善，则他们首先就应该抑制个人的欲望，不去强调个人的权利。扩而大之，他们一旦位列封疆或者职居显要，也就不能强调本地区、本部门的特权。例如东南各省本来可以由海外贸易而获大利，但由于顾全大体，没有坚持这种特别的经济利益，就得以保持全国的政治的均衡。在这种以公众利益为前提的条件下，政府中枢才有可能统一管理全国，而无须考虑各地区、各部门以及各个人的特殊需要。这是一种笼统的办法，也是一种技术上简陋和没有出息的办法。
在本书的前面几章曾不止一处的提到，我们的帝国是由几百万个农村聚合而成的社会。数以千万计的农民不能读书识字，全赖乎士绅的领导、村长里甲的督促，他们才会按照规定纳税服役。在法律面前，他们享有名义上的平等，而实际上，他们的得失甚至生死，却常常不决定于真凭实据而决定于审判官的一念之间。本朝的法律也没有维持商业信用、保障商业合同的规定，以此国际贸易无法开放，否则就会引起无法解决的纠纷。各地区按照其特殊需要而立法，更不能受到鼓励，因为会酿成分裂的局面。至于在文官集团内部，也无法通过组织系统集中这两万人的意见，必须假借谐音讽喻、匿名揭贴以及讨论马尾巴等等离奇的方法，混合阴阳，使大家在半信半疑之间渐趋统一。以上种种情况，在长时期里造成了法律和道德的脱节。治理如此庞大的帝国，不依靠公正而周详的法律，就势必依靠道德的信条。而当信条僵化，越来越失去它的实用价值，沦于半瘫痪状态中的法律也当然无法填补这种缺陷。
如果本朝的统治者感到了此路不通，企图改弦易辙，则必然会导致社会成员以自存自利为目的，天赋人权的学说又必然如影随形地兴起，整个社会就将遭到根本性的冲击。但是这种局面，在欧洲的小国里，也要在几百年之后，等市民阶级的力量成熟，才会出现，张居正和李贽不必为此而焦虑。事实上，他们也不可能看得如此长远，他们企盼的自由，只是优秀分子或者是杰出的大政治家不受习俗限制的自由。
张居正是政治家，李贽是哲学家，他们同样追求自由，有志于改革和创造，又同样为时代所扼止。李贽近于马苦雅弗利，但是他的环境不容许他像霍布斯和洛克一样，从个人主义和唯物主义出发构成一个新的理论体系。他察觉到自己有自私自利的一面，别人也是如此，但他不能放弃孔子所提倡的仁。这样，他只好在形而上学中找到安慰－－世间的矛盾，在“道”的范畴中得到调和而且消失。这在心学中也有类似的理论，即至善则无形，至善之境就是无善无不善。
这样的唯心主义已经带上了神秘的色彩，很难成为分析历史现象的有效工具。而另一方面，他思想中唯物主义的部分也并不彻底。这使李贽不可能从根本放弃以伦理道德为标准的历史观，因之自相矛盾的评论随时会在他笔下出现。比如他赞成寡妇守节殉夫，但对卓文君的私奔，又说是“归凤求凰，安可诬也”。他斥责王莽、张角，但又原谅了很多历史人物，有如五代史中的冯道。这些人物的所作所为和当时的道德规范不相符合，李贽认为情有可原。因为，从长远来看，他们为国家人民带来了更多的利益。这些以远见卓识指导自己行动的人物，足以称为“上人”，而李贽自己能作出这种评论，则成了“上人”之上的“上上人”。
这些在理论上缺乏系统性的观点，集中在他编订的《藏书》之中。李贽对这部书自视甚高，称之为“万世治平之书，经筵当以进读，科场当以选士，非漫然也”，并且预言“千百世后”，此书必行。他认识到，他的观点不能见容于他所处的社会，然而这个社会需要如何改造才能承认他的观点，在书中却不着一字。在今天的读者看来，他心目中的“千百世后”，皇帝仍然出席经筵，科场仍然根据官方所接受的历史观取士，则仍为一个矫饰的社会。
1601年初春，芝佛院被一场人为的火灾烧得四大皆空。据说纵火者乃是当地官吏和缙绅所指使的无赖。这一案情的真相始终未能水落石出，但却肯定与下面的一个重要情节有所关联。
李贽在麻城的支持者梅家，是当地数一数二的大户，家族中的代表人物梅国桢又正掌理西北军事。梅国桢有一个孀居的女儿梅澹然曾拜李贽为师，梅家的其他女眷也和李贽有所接触。这种超越习俗的行动，在当时男女授受不亲的上层社会里，自然引起了众人的侧目而视。但是李贽对舆论不加理睬，反而毫我顾忌地对澹然和她的妯娌大加称赞。他和她们往来通信，探讨学问。他著作中所提到的“澹然大师”、“澄然”、“明因”、“善因菩萨”等等，就是这几位女士。他说：“梅澹然是出世丈夫，虽是女身，男子未易及之。”又说：“此间澹然固奇，善因、明因等又奇，真出世丈夫也。”他在著作中，理直气壮地辩解自己和她们的交往完全合于礼法，毫无“男女混杂”之嫌，但是又不伦不类地写下了“山居野处，鹿豕犹以为嬉，何况人乎”这些话。他把澹然比为观世音，并把和这几位女士谈论佛学的文稿刊刻，题为《观音问》。他还有一首题“绣佛精舍”的诗：“闻说澹然此日生，澹然此日却为僧。僧宝世间犹时有，佛宝今看绣佛灯。可笑成男月上女，大惊小怪称奇事。陡然不见舍利佛，男身衰隐知谁是？我劝世人莫浪猜，绣佛精舍是天台。天欲散花愁汝着，龙女成佛今又来！”
写作这些诗文函件的时候，李贽已年近七十，而且不断声称自己正直无邪，但是这些文字中所流露的挑战性，无疑为流俗和舆论所不能容忍。反对者举出十余年前李贽狎妓和出入于孀妇卧室的情节，证明他的行止不端具有一贯性；对这种伤风败俗的举动，圣人之徒都应该鸣鼓而攻之。
事情还有更为深刻和错综的内容。李贽的这种行动，在当时的高级官僚看来，可以视为怪僻而不必和公共道德相联系。但下级地方官则不能漠然置之。因为他们负责基层的行政机构，和当地绅士密切配合，以传统思想作为社会风气的准则，教化子民。他们的考成也以此为根据。李贽的言行既然有关风化，也就是官僚绅士的切身利益有关。然而如果把问题仅仅停留在这一点上，也还是皮相之谈。因为对官僚绅士自己来说，行为不检甚至涉及淫乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁人也可以心照不宣。李贽究竟无邪还是有邪，可以放在一边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹事生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈，地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己看来，则属于卫道。
这次事件已经早有前兆。5年之前，即1569年，有一位姓史的道台就想驱逐李贽。仅仅因为李贽的朋友很多，而且大多是上层人物，这位道台才不敢造次，只是放出风声要对他依法处理。李贽对这种恐吓置若罔闻，于是史道台又声称芝佛院的创建没有经过官方批准，理应拆毁，李贽答辩说，芝佛院的性质属于私人佛堂，其创建“又是十方尊贵大人布施俸金，盖以供佛，为国祈福者”。答辩既合情合理，再加上知名人士从中疏通，这位道台没有再别生枝节，而李贽则自动作了一次长途旅行，离开麻城前后约计4年。他在山西访刘东星，登长城，然后买舟由大运河南返，在南京刊刻《焚书》，1600年又回到芝佛院。这次招摇的旅行使当地官绅更为痛心疾首，而尤其糟糕的是，他居然在给梅澹然的信上说麻城是他的葬身之地。是可忍，孰不可忍，官绅们既想不出更好的办法，只好一把火烧了他的栖身之地。
事变发生以后，马经纶闻讯从通州赶来迎接李贽北上，并且慷慨地供应他和随从僧众的生活所需，使李贽的生活得以保持原状。在通州，也经常有朋友和仰慕者的拜访和请益，因此生活并不寂寞。
在生命中的最后一年里，他致力于《易经》的研究。因为这部书历来被认为精微奥妙，在习惯上也是儒家学者一生最后的工作，其传统肇始于孔子。李贽既已削发为僧，他已经了解到，所谓“自己”只是无数因果循环中间的一个幻影；同时根深蒂固的儒家历史观，又使他深信天道好还，文极必开动乱之机，由乱复归于治，有待于下一代创业之君弃文就质。在1601年，李贽提出这一理论，真可以说切合时宜，也可以说不幸而言中。就在这一年，努尔哈赤创立了他的八旗制度，把他所属的各部落的生产、管理、动员、作战归并为一元，改造为半现代化的军事组织。而也是仅仅两年之前，这个民族才开始有了自己的文字。就凭这些成就，努尔哈赤和他的儿子征服了一个庞大的帝国，实质上是一个单纯的新生力量接替了一个“文极”的王朝。所谓“文极”，就是国家社会经济在某些方面的发展，超过了文官制度呆板的管制力量，以致“上下否隔，中外睽携”。努尔哈赤的部落文化水平低下，但同时也就在“质”上保持着纯真。舍此就彼，泰否剥复，也似乎合于《易经》的原则。
然而在这易代的前夕，李贽又如何为自己打算呢？即使其时李贽还不是古稀的高龄，他也用不着考虑这个问题了。因为问题已经为礼科给事中张问达所解决。张问达递上了一本奏疏，参劾李贽邪说惑众，罪大恶极。其罗织的罪状，有的属于事实，有的出于风传，有的有李贽的著作可以作证，有的则纯出于想当然。其中最为耸人听闻的一段话是：“尤可恨者，寄居麻城，肆行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引士人妻女入庵讲法，至有携衾枕而宿庵观者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆士人妻女也”。接着，给事中提醒万历皇帝，这种使人放荡的邪说必将带来严重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”此外，由于李贽妄言欺世，以致佛教流传，儒学被排挤，其情已极为可怕：“迩来缙绅大夫，亦有唪咒念佛，奉僧膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为皈依，不知遵孔子家法而溺意于禅教沙门者，往往出矣。”而最为现实的危险，还是在于李贽已经“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”。
皇帝看罢奏疏之后批示：李贽应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。
在多数文官看来，李贽自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李贽被捕之日，天主教传教士、意大利人利玛窦（此人和李贽也有交往）早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学士尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲慈圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为礼部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用佛经，但是在1599年，即李贽被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学士，他在正精研“道藏”和“佛藏”。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李贽，毕竟不能算做理直气壮。
但是因为另一方面，李贽之所以罪有应得，则在于张问达的奏疏具有煽动的力量，而他使用的“罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。
从各种有关的文字记载来看，李贽在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回籍了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。
一天，李贽要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自刎，但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李贽作了一次简单的对话。当时李贽已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：
问：“和尚痛否？”
答：“不痛。”
问：“和尚何自割？”
答：“七十老翁何所求！”
据说，袁中道的记载，在自刎两天以后，李贽才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李贽“不食而死”。
从个人的角度来讲，李贽的不幸，在于他活的时间太久。如果他在1587年即万历十五年，也就是在他剃度为僧的前一年离开人世，四百年以后，很少再会有人知道还有一个姚安知府名叫李贽，一名李载贽，字宏父，号卓吾，别号百泉居士，又被人尊称为李温陵者其事其人。在历史上默默无闻，在自身则可以省却了多少苦恼。李贽生命中的最后两天，是在和创伤血污的挣扎中度过的。这也许可以看成是他15年余生的一个缩影。他挣扎、奋斗，却并没有得到实际的成果。虽然他的《焚书》和《藏书》一印再印，然而作者意在把这些书作为经筵的讲章，取士的标准，则无疑是一个永远的幻梦。
我们再三考虑，则又觉得当日李贽的不幸，又未必不是今天研究者的幸运。他给我们留下了一份详尽的记录，使我们有机会充分地了解当时思想界的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱熹和王阳明的是非长短，由于李贽的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李贽的著作，使我们得到从另一个角度观察的机会。
当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。
1587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者晏安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。
题使读书明理之人为之不安，而高级官员由于负有治国平天下的重任，其不安尤为严重。按理说，他们所受到的教养，都要求发扬为公众服务的精神；然而一旦接触实际，这种精神常常只是海上神山，或者干脆销声匿迹。有时他们身上的自私苟且，还远过于不识字的愚氓。这种不安，或者由此发展而来的内心交战，需要有一种适当的方式来缓解排除。志趣相投的研究讨论，可以触发彼此的灵感，深入探索人生的真谛，俾使内心的不安涣然冰释。所以他们来往密切，集会商谈之余，还互相通信，刊印文集。李贽落发为僧以后，仍然经常外出旅行，参加这些活动。在当时，还谈不上旅费用必须报销，或者演讲应当收入费用，这些问题都可以根据习惯，在往来交际之间安排妥贴。以李贽的名望，加上化缘和尚的恣态，他已经用不着再为经济问题而踌躇。
他和耿定向的辩论，促成和巩固了他要求个人自由的信念。多年之后，他仍把这次辩论视为生命中一个重要的转折点。
1580年，李贽在姚安辞官离任后，就搬到湖广黄安，在耿家充当门客而兼教师。这时耿定向的父亲去世不久，兄弟4个都在家里丁忧守制。这4个人中，李贽和二兄耿定理的交往特别密切。有人误以为他们两人在思想上比较一致，其实不然。他们之间的差异，较之李贽和长兄耿定向之间的差异还要大得多。耿定理天资聪颖，同时也是一个诚实的人。如果他发现“四书”“五经”中的理论和他自己的思想有所冲突，他就不能轻易放过，人云亦云。这种矛盾带给他的苦恼，也促使他思索，有时候会独自一人在深山穷谷之中徘徊。最后，他终于“豁然贯通”，确认儒家的仁就是无我主义，一个人成为圣人，则是把自我之有化而为无，进入寂灭的境界，以致“无声无臭”。这种高悬在空中的理想主义，只能深藏于内心，不能应用于现实，并发展而成为伦理和道德的标准。所以在实际生活中，耿定理从来没有应考，也从来没有做官。然而李贽则认为“穿衣吃饭，即是人伦物理”，这无疑与耿定理的思想判若水火。他们之所以能和睦相处，不在于耿定理学术理论上的弹性，而在于他性格的柔和轻松。他经常以禅宗式的机锋，避开辩论中的正面冲突，而以表面上毫不相关的语言，来表示自己的意见，使辩论的对手在思索之后被迫折服。因为他认为自己所掌握的真理，基于识见渊博；如果坚持片面的执拗，就等于放弃了宽阔的胸襟。因此，当耿定理在世之日，总是能够用他特有的方式调解他长兄和李贽之间的冲突。
在思想史上，长兄耿定向最易为历史学家所误解。他的朋友和论敌李贽，把他说成一个伪君子；而黄宗羲的《明儒学案》，也指出他思想上前后不符。然则很少有人能看到，这位哲学家同样是在竭力地探求一种既有形而上的根据，又能融合于日常生活的真理。他接受佛家和道家的哲理，认为至善至美属于虚无，但另一方面，却又认为任何信条如果不能在愚夫愚妇面前宣讲明白，则不成其为信条。经过多方考虑，他提出，人的理智有深有浅，有粗有细，有的集中，有的分散；在社会生活中，政治与农业不同，农业又与商业不同。基于这样的分析，他已经开始指出了伦理道德的理，应当与物理、地理的理有所区别，因此施政的标准也应当与哲学思想有所区别。这种理论，为当时持一元论的宇宙观者所不能接受。他和李贽的冲突也无可避免，因为两个人都准备把自己的理论体现于行动之中。于是李贽指斥耿定向为不诚实，言行不一；耿定向则指斥李贽以立异为标榜，立异的目的还是立异，所谓放浪形骸，无非是为了博取超凡脱俗的美名。
耿定理在1584年去世。同年耿定向被召回北京任左佥都御史。他在信里提出李贽迷误耿氏子弟，这种指责促使李贽迁居麻城。多年以后，他还认为这是耿定向有意识地给他以个人侮辱。
李贽好强喜辩，不肯在言辞上为人所屈，在做官的时候也经常与上司对抗。和耿定向闹翻之后，他更为重视自己的独立不羁。按本朝的习惯，退休的官员被称为“乡官”，也就是意味着他仍然具有官员的身分，要受地方官的节制。地方官可以邀请他协助处理有关的事务，也可以邀请他参与重要的典礼。这种权利和义务，在别人或许会引以为荣，而在李贽则是精神上的压力。他说：“弃官回家，即属本府本县公祖父母管矣。来而迎，去而送；出分金，摆酒席；出轴金，贺寿旦。一毫不谨，失其欢心，则祸患立至。”剃发为僧，除了避免亲族的纠缠以外，摆脱这些牵制也是一个重要的因素。
李贽虽然身入空门，却没有受戒，也不参加僧众的唪经祈祷。他喜爱清洁成为癖好，衣服一尘不染，经常扫地，以至“数人缚帚不给”。在很多方面，李贽保持着官僚学者的生活方式。例如，即使是短距离的外出，他仍然乘轿；对于书本不愿亲自阅读，而是让助手朗诵以省目力。
退休以后的十几年，李贽主要的工作是著述。他的著作大部分都在生前刊刻印行，芝佛院中有一间屋子专门堆放书板。著作的内容非常广泛，包括儒家经典的阐释、历史资料的观察、文学作品的评论以及伦理哲学的发挥，形式则有论文、杂说、诗歌、书信等等。但是涉及面虽然广泛，却并不等于具有多方面的精深造诣。他写作的历史，对史实没有精确的考辨，也没有自成体系的征象，大段文章照史书抄录，所不同的只是按照自己的意见改换章节，编排次序，再加进若干评论。在接触小说的时候，他所着眼的不是作品的艺术价值和创作方法，也就是说，他不去注意作品的主题意义以及故事结构、人物描写、铺陈穿插等等技巧。他离开了文学创作的特点，而专门研究小说中的人物道德是否高尚，行事是否恰当，如同评论真人实事。再则，即使是阐述哲学理论，也往往只从片段下手，写成类似小品文，而缺乏有系统的推敲，作为结构谨严的长篇大论。惟其如此我们对于当日的士人将“李氏《藏书》、《焚书》人挟一册，以为奇货”，就大多感到难于理解。
要正确认识此中关系，务需探求李贽的写作目的。他的各式各样的著作，无非异途同归，其着眼在把读书人的私人利益与公众的道德相融合。从这点出发，他的写作，有如使用各种乐器演奏同一支交响曲。公私冲突之中能否设法调和？如果他还没有做出恰当的答案，至少已经提出了这个问题。这是一个迫切的问题，对读书人来说，足以影响他们良心与理智的完整性。李贽自身的经历，使他对问题的认识更为深刻，表达更为有力。所以，他的著作仍能获得读者的欣赏。其中衷曲，在一封写给耿定向的信里发挥得淋漓尽致：
“试观公之行事，殊无甚异于人者。人尽如此，我亦如此，公亦如此。自朝至暮，自知识以至今日，均以耕田而求食，买地而求种，架屋而求安，读书而求科第，居官而求尊显，博风水以求福荫子孙。种种日用，皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者。及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他；我怜东家之饥矣，又思西家之寒难可忍也；某等肯上门教人矣，是孔孟之志也；某等不肯会人，是自私自利之徒也；某行虽不谨，而肯与人为善；某等行虽端谨，而好以佛法害人。以此而观，所讲者未必公之所行，所行者又公所不讲，其与言顾行、行顾言何异乎？以是谓孔圣之训可乎？翻思此等，反不如市井小夫身履是事，口便说是事，作生意便说生意，力田者便说力田，凿凿有味，真有德之言，令人听之忘厌倦矣。”
李贽的难言之隐在于他强烈地抨击了这些人物以后，他还是不得不依赖这些被抨击者的接济而生活。他们的言行不一是一种普遍的社会现象，耿定向不过是比较显著的例子而已。李贽本人也没有与此绝缘，这就常常使他在对别人作了无情的指责以后，自己感到内疚而稍敛辞锋。只有当他被别人截击，已经无法退避，他的感情才如长江大河，一发而不可收拾。
在同辈的人物中，李贽虽然享有比别人更多的自由，但是他终究没有找到他最企盼的独立地位。这种困难和冲突迫使他继续写作，笔下内容仍然不能越出这一问题的范畴。这种情况，连同情他的袁中道也为之不解：既然由于对官僚政治不满而绝意仕进，那就理当息机忘世，以文墨自娱；可是写来写去，还总是和官僚政治有关，加之名望越来越大，“祸逐名起”，这就无怪乎招致杀身之祸了。
李贽和耿定向的争论，基于人性的善恶。这个问题所涉及的方面非常广泛，需要从中国哲学史中找出全面的解答。
问题可以追溯到公元前5世纪的春秋时代。孔子没有提到性善或者性恶。他学说中的核心是“仁”。“仁”可以为善，一个君子的生活目的就在合于“仁”的要求。
究竟哪些成分构成了仁，孔子没有明确直接的答复。《论语》一书中，仁字凡六十六见，但从来没有两处的解释相同。一般来说，仁与慈爱、温和、恻隐、以天下为己任等等观念相通。然而在不同的场合，孔子又赋予仁以不同的概念：“己所不欲，勿施于人”的自我克制，言辞谨慎、按照礼仪行事，都可以算作仁或者接近于仁；出于环境的需要，一个人牺牲自己的生命，也叫做“杀身以成仁”。仁是最容易获得的品质，任何人有志于仁，就可以得到仁。但是仁也是最难保持的品质，即在圣贤，例如孔子自己，也难能始终不断地不违反仁。
后世的读者，必须把这些互不关连的语录再三诵读，再三思索，才有可能理解它的真实内涵。综合来说，温和有礼，慷慨大方是仁的初级阶段。在向更高阶段迈进的过程中，又必须把自己的思想与言行统统纳入它的规范之内，经过不断的积累而可以到达去私，最终到达无我。这样，仁就是一种强迫性的力量、行动的最高准则、超越人世间的品质，也是生活唯一意义之所在，简直和道家的“道”殊途而同归。
《论语》中这66条有关仁的语录，为孔子的学说安排了形而上的根据，成为儒家一元论宇宙观的基础。这种学说虽然没有直接指责自私的不合理，但已属不言而喻。因为所谓“自己”，不过是一种观念，不能作为一种物质，可以囤积保存。生命的意义，也无非是用来表示对他人的关心。只有做到这一点，它才有永久的价值。这种理想与印度的婆罗门教和佛教的教义相近。印度的思想家认为“自己”是一种幻影，真正存在于人世间的，只有无数的因果循环。儒家的学说指出，一个人必须不断地和外界接触，离开了这接触，这个人就等于一张白纸。在接触中间，他可能表现自私，也可能去绝自私而克臻于仁。
按照孔子的看法，一个人虽为圣贤，仍然要经常警惕防范不仁的念头，可见性恶来自先天。然而另一方面，既然每个人都有其发扬保持仁的本能，则同样可以认为性善出于天赋。
孔子去世以后约150年，性善说才首次被明确提出。孟子曾经斩钉截铁地说：“人之性善也，犹水之就下。人无有不善，水无有不下。”孔孟之间的不同论调，反映了社会环境的变化。孔子的目标，在于期望由像他一样的哲学家和教育家来代替当时诸侯小国中世袭的卿大夫。孟子却生活在一个更加动荡的时代里，其时齐楚之间的王国，采取了全民动员的方式互相争战。这种情形不再允许哲学家以优闲的情调去研究个人生活的舒畅和美。孟子的迫切任务，在于找到一个强者，这个强者应当具有统一全国的条件，并且能接受儒家学说作为这一大业的基础。他企图以雄辩的言辞说服他的对象，引导他和他的廷臣回到善良的天性之中，有如引导泛滥的洪水归于大海，以避免一场杀人盈野的浩劫。
孔孟之道战胜了诸子百家的理论，从汉朝开始，就成为统治全国的指导思想。时代愈是往前发展，统治者对它的依赖程度也愈大。到10世纪以后，也就是唐宋两代，中国经历了一次巨大的变化：经济的重心，由华北旱田地带移至华中和华南的水田地带。随之产生的显著后果，则是内部的复杂性相继增加。官僚阶层过去为豪门大族所垄断，至此改变而为与绅士阶层相表里。军队中的将领逐渐失去了左右政治的力量，文官政治确立为统治帝国的原则。这种多方的改变，使集权的中央政府不得不创立新的哲学理论，以维系社会上成千上万的优秀分子，即读书的士人。这些士人就是绅士阶层，和以前的门阀士族比较，人数多，流动性大，生活面和知识面也远为广阔。以此，儒家单独的伦理性格已经不能完全适应时代的需要，而必须掺和理智上的新因素，才能适应于新的环境。
针对这种需要，很多学者不断把孔孟的著述加以新的注释，而把这些注释综合调和以构成一种思想系统的，则是宋代的大儒朱熹。他是孔孟以后儒家学派中最有影响的思想家，死后被尊为贤人。他对儒家的经典的论述具有权威性，他的《四书集注》，是明朝、清朝两代士人规定的教科书，也是科举考试的标准答案。
他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”，有时甚至被认为有“科学”的根据。朱熹对过去的历史和哲学著作熟读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则，而且彼此印证。其学说的基础，乃是宇宙和人间的事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为不同的“物”。这所谓“物”，包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝悌忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一元论的宇宙观。因为他们认为，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有的特性，就是因为它和事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作。运用这样的观点，朱熹把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为两者都是“郁积之气”企图发散。
孔子的仁，孟子的性善论，乃至中国社会传统的组织和习惯，都被朱熹视为“天理”。但是人可能违反天理，因为各人秉气不同，有清有浊。如果浊气抬头，天理就被“人欲”所取代。补救的办法是“格物”，也就是接触事物和观察、研究事物。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”通过格物，可以使人发现天理。
事实上，朱熹所使用的方法并不是归纳法，也很难说得上科学性。用类比以说明主题，是战国时代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其实人性与水性并没有联系，所谓有相似，不过是存在于孟子的主观之中。朱熹的格物，在方法上与之相同。在很多场合之下，他假借现实的形态以描写一种抽象的观念。他认为一草一木都包涵了“理”，因此他所格的“物”包括自然界。在他看来，传统的社会习惯，乃是人的天赋性格。但是他在作出结论时，却总是用自然界之“理”去支持孔孟伦理之“理”。这也就是类似之处代替逻辑。
对朱熹的思想系统，可以从不同的角度批判。其中重要的一个方面是，假如人之愚顽不肖，如他所说在于气浊，则这种生理性的缺点就应当采取机械性的方式补救，例如着眼于遗传，或者如道家的注重吐纳。然而朱熹反对这样的办法。他认为这些气浊的人应该接受教育，经过不断的努力，才可能接近真理。这样一来，朱熹之一个全体的、有组织的宇宙，已成问题，即伦理之理有别于物理之理。
大凡高度的概括，总带有想象的成分。尤其是在现代科学尚未发达的时代，哲学家不可能说明宇宙就是这样，而只能假定宇宙就是这样。在这一点上，朱熹和其他哲学家并无区别。既然如此，他所使用的方法就是一种浪费。他的格物，要求别人接触植物、地质、历史和地理等各个学科，但目的不在于这些学科的本身上追求真理。因为对任何问题，他的结论已作出于观察之先，而且作出这些结论的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人们就不能不产生疑问：这种博学多闻是否有确切的需要，也就是说，朱熹的成就，是否能和他付出的精力相当？
朱熹治学的方法可谓“支离”。避免这样支离，另有捷径。此即以每一个人自己的心理，作为结构宇宙的工具，而所谓心理，即包括视觉和听觉，也包括直觉和灵感。宇宙的自然法则和社会的伦理道德合为一体，很难获得实证，但在心理上却可以不言自明。宇宙的伟大与完美，无须有赖分析，就可以在个人的心理上引起合群为善的精神，从而自然而然地领悟到社会道德的真谛。其最高境界，可以使人摆脱日常生活的忧虑，心灵上达到澄澈超然。持这种看法的人，常说“将发未发之际”也就是杂念冰消、情绪宁静之际，此时视觉、听觉、触觉还没有全部开动，而是凭个人直觉可以领会到宇宙间一种无可形容的美感。
以这种方法治学是为“心学”，和朱熹的“理学”相对。心学派反对理学派累赘的格物致知，提倡直接追求心理的“自然自在”；理学派则认为心学派也大有可以非议之处：宇宙的真实性如果存在于人的心中，任何人都可以由于心的开闭而承认或者拒绝这一真实性。这样，世间的真理就失去了客观的价值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的“道”、释家的“无”也很难再有区别。一个人可以用参禅的方式寻求顿悟，顿悟之后，所获得澄澈超然的乐趣仅止于一身，而对社会的道德伦理则不再负有责任。耿定理的终身不士就是一例。再则，儒家的经典一贯是士大夫行动的标准和议论的根据，而心学一经风行，各人以直觉为主宰，全部经典就可以弃置不顾。李贽全凭个人的直觉和见解解释经典又是一例。
如果知识分子放弃了正统的儒家观念，则王朝的安全会立即受到威胁。知识分子在政治上是政府中的各级官员，在经济上是中等以上的地主，因而也是这个社会的真正主人。而正统的儒家观念又是维系他们的纽带，除此而外，再无别的因素足以使他们相聚一堂，和衷共济。所以李贽在晚年被捕入狱，虽然也被指控为行为不检，但审判官在审讯的时候对此并不斤斤计较，所注意的乃是他“惑世诬民”的著作。李贽本人也早就预感到了这一点。他把他的一部著作题为《焚书》，意思是早晚必将付之一炬；另一部著作题为《藏书》，意思是有干时议，必须藏之名山，等待适当的时机再行传播。
李贽与耿定向决裂以后，随即公布了他写给耿定向的函件，指斥他的虚伪。耿定向以眼还眼，如法炮制，也把他写给另一位朋友的信广为抄传，信上说：“昔颜山农（颜钧）于讲学会中忽起就地打滚，曰：‘试看我良知！’士友至今传为笑柄。”在这一似乎是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李贽的种种古怪行为，无非是就地打滚之意，目的在于不受拘检，参会禅机。但是耿定向又不无恶意地提到，李贽曾经强迫他的幼弟狎妓，还提到李贽有一次率领僧众，跑到一个寡妇的卧室里化缘。在耿定向看来，这些放荡的行为，也是李贽以良知为主宰，寻求顿悟的方法，与颜山农的就地打滚无异。
李贽在1587年对这种攻击作出答辨。除了关于寡妇的事件以外，他对自己的不拘形迹毫不掩饰。最值得注意的是他对“就地打滚”的评论。他说，他从来没有听到过这一故事，如果真有这件事，只证明颜山农确实参透了“良知真趣”。他又说：“世间打滚人何限？日夜无休时。大庭广众之中，谄事权贵人以保一日之荣；暗室屋漏之内，为奴颜婢膝事以幸一时之庞。无人不滚，无时不然，无一刻不打滚。”当一个人真能领悟到打滚的真趣，则另有境界，此即“当打滚时，内不见己，外不见人，无美于中，无丑于外，不背而身不获，行庭而人不见，内外两忘，身心如一。难矣，难矣！”他认为耿定向的耻笑无损于颜山农，“即千笑万笑、百年笑千年笑，山农不理也。何也？佛法原不为庸众说也，原不为不可语上者说也，原不以恐人笑不敢说而止也”。
以上一段公案，可以看作当时心学派反对理学派的一个事例。李贽与耿定向的个性不同，但是他们之间互相嘲讽侮弄，已经超出了个性的冲突。其中的微妙之处，乃是耿定向并不属于正统的理学派，而是和李贽同属心学派中的泰州学派。仅仅在攻击李贽“未信先横”这个问题上，他的立场近似于理学派。
心学的发展在明代进入高潮。由于王阳明的创造发挥，这种思想已经形成一个完整的系统。王阳明原来也属于朱熹的信徒，据他自己说，他曾经按照朱熹的方法格物，坐在竹子之前冥思苦想。但是格来格去，始终没有格出一个所以然，自己反而为此病倒。这个故事反映了他相信物质之理和道德之理相通，但是他没有接受理学的类比方法。既然此路不通，他就另辟蹊径，最后终于悟出一个道理，即宇宙间各种事物的“有”，完全出于个人问题上的反映，比如花开花落，如果不被人所看见，花就与心“同归于寂”。所谓天理，就是先天存在各人心中的、最高尚的原则。忠孝是天理，也是心中自然而然产生的观念。
王阳明受过佛家思想的影响，他的宇宙观也属于一元论。他的所谓“良知”，是自然赋予每一个人的不可缺少的力量。它近似于我们常说的良心。但是良知并不能详尽知悉各种事物的形态功用，具有这种知悉作用的是“意念”。良知只是近似于意念的主宰者，可以立即对意念作出是非善恶的评判。他思想系统中还有一个主要方面，就是对因果关系的重视。在他看来，一件白的物体乃是因，在观察者的心中产生了白色的感觉才是果。这种对因果关系的理解推导出了他的“知行合一”说。他认为，知识是一种决断，必定引起一种行动。一个人见到美色就发生爱慕，闻到臭味就发生厌恶，见和闻是“知”，爱慕和厌恶则为行，前者立即产生后者。所以在王阳明看来，“致良知”是很简单的，人可以立时而且自然地“致良知”，但是不断地按照良知行事就很困难。这和孔子关于“仁”的学说颇为相似：凡人立志于仁就要以得到仁，但是每日每时都不违背仁，即在圣贤也不易做到。
王阳明并没有为真理而真理的倾向。和朱熹一样，他的目的也在于利用他的思想系统，去证实他从小接受的儒家教条，以求经世致用。他的方法较之朱熹更为直接，然而这里也埋伏着危险。如果一个人把王阳明的学说看成一种单纯的方法，施用于孔孟教条之前，就可能发生耿定向所说的“未信先横”，以为自己的灵感可以为真理的主宰。其后果，则可以由于各人的个性和背景而趋向于泛神主义、浪漫主义、个人主义、自由主义、实用主义，甚至无政府主义。这也就是王学的危险之所在。它存在着鼓励各人以自己的良心指导行动，而不顾习惯的道德标准这一趋向。1587年，李贽就走到了这条道路的交叉点。
几个世纪以后，对李贽的缺点，很少有人指斥为过激，而是被认为缺乏前后一致的完整性。他的学说破坏性强而建设性弱。他没有能创造一种思想体系去代替正统的教条，原因不在于他缺乏决心和能力，而在于当时的社会不具备接受改造的条件。和别的思想家一样，当他发现自己的学说没有付诸实施的可能，他就只好把它美术化或神秘化。
李贽的学说一半唯物，一半唯心，这在当时儒家的思想家中并非罕见。这种情形的产生，又可以追究到王阳明。
王阳明所使用的方法简单明白，不像朱熹那样的烦琐累赘。但是在他的体系里，还存在着一些关键的问题，例如良知的内涵是什么？良知与意念的关系，是从属还是并行，是调和还是排斥？他应该直接的说良知是一种无法分析的灵感，有如人类为善的可能性属于生命中的奥妙。但是王阳明不如此直截了当。他又含糊地说，良知无善无恶，意念则有善有恶。这些问题，为他的入室弟子王畿作出断然的解答：一个人企图致良知，就应当摈绝意念。理由是，人的肉体和思想，都处于一种流动的状态之下，等于一种幻影，没有绝对的真实性。所以意念乃是枝节性的牵缠，良知则是永恒的、不借外力的存在。良知超越于各种性格，它的存在寓于无形，有如灵魂，既无年龄性别，也无籍贯个性，更不受生老病死的限制。按照王畿的解释，良知已不再是工具而成了目的，这在实际上已经越出了儒家伦理的范围，而跨进了释家神学的领域。李贽在北京担任礼部司务的时候，经常阅读王阳明和王畿的书，之后他又两度拜访王畿，面聆教益。他对王畿备加推崇，自称无岁不读王畿之书，亦无岁不谈王畿之学，后来又主持翻刻了王畿的《文抄录》，并且为之作序。
按照王畿的学说，一个人就理应集中他的意志，放弃或简化物质生活，避免环境的干扰，以达到无善无恶的至高境界。然则一切的真实性既然只存在于心中，则所谓放弃、简化与避免，也无须见诸行动，而只是存在于精神之中。一个人不存在恶念，也就不会见恶闻恶，更彻底地说，就是世界上根本不存在恶。基于这种的立场和信念，李贽对耿定向的攻击不屑一顾。耿定向说他狎妓，李贽就承认他确实在麻城“出入于花街柳市之间”。但是这种世俗所认为不对的行为在无善无恶的领域中，不足成为指责的根本。在李贽看来，他的行为不过是佛家的“游戏三昧”，道家的“和光同尘”。因之他以“无善无恶”作为标帜，硬是不肯认错示弱，另一方面李贽则并不认为这种自由系每个人都能具有，而只是进入了无善无恶境界的优秀分子的特权。这种优越感，在他的著作中经常流露。
李贽又有他的另一面。当他说到“穿衣吃饭即是人伦物理”，他又站到了王艮这一边。王艮是泰州学派的创始人，也是王阳明的信徒。很多历史学家认为，王艮把王阳明的学说推广而成为“群众运动”，这可以算得是一种历史的误会。因为在明代社会里，并不存在以哲学领导群众运动的可能；如果存在这种可能，与之相联系的历史因素势必引起剧烈的变化，但事实上毫无这种迹象。然则王艮确实在比较广泛的范围里传播了王学，他所说的“百姓日用即道”、“百姓日用条理处，即是圣人之条理处”，又正是王学的发挥。因为王阳明的知行合一说，其宗旨在于知圣人之道，行圣人之志。李贽虽然渴望自由，然而他不能超然物外，对这样堂皇的旗号无动于衷。因此，以学术的流派而论，他始终被认为属于泰州学派。
在第三位姓王的影响之下，李贽重视物质，也重视功利。他仍然不断地提到“心”，但是这已经不是就地打滚、无美于中无丑于外的心，而是考虑到日常需要的心。因为自己有所需要，就推知别人也有同样的需要，这就是孟子所谓“他人有心，予忖度之”。在这些场合中，他的思想已经脱离了形而上学的挂碍，而是以日用常识作为基础。这种态度在他评论历史时尤为明显。
李贽的历史观大多符合于传统的看法，比如他确认王莽为“篡弑盗贼”，指斥张角为“妖贼”。在他看来，历史的治乱，既循环不断，又与“文”“质”相关联。一代人君如果专注于“文”而使之臻于极致，则已经开了祸乱之基；反之，息乱创业之君，则专注于“质”，只求使百姓免于饥寒而不去顾及是否粗粝。这种认为文化与生活水平和国家安全不能相容的看法，是中国传统历史的产物，也是官僚政治的特点。李贽自然无法理解，用中央集权的方式，以为数众多的官僚治理亿万农民，就要求整齐划一、按部就班，不能鼓励特殊分子或特殊成分发展新的技术或创造新的法则。在他所处的时代，文官集团业已丧失了发展技术的可能，也没有对付新的历史问题的能力。社会物质文明（即李贽所谓“文”）往前发展，而国家的法律和组织机构不能随之而改进，势必发生动乱。受到时代的限制，李贽认为历史循环之无法避免，乃是命运的安排，几乎带有神秘的力量，所以也不必再白费心力去寻找任何新的解决方案。这样来看，李贽的唯心论并不彻底，因为他承认了客观的真实性，治乱兴亡并不决定于人的主观，当然更不承认，所谓人心不在，治乱就不成其为治乱这样的理论了。
君主一生事业的成败既为历史循环的后果，李贽对于历代君主的评论，也只是着重于他们适应时代的识见和气魄。对于“天下之重”的责任，李贽则认为应该由宰辅大臣来承担。他所期望于大臣的，是他们的执政的功绩而不是道德的言辞。一个奇才卓识的人，在为公众的福利作出贡献的过程中，决不能过于爱惜声名，因而瞻前顾后，拘束了自己的行动。他可以忍辱负重，也可以不择手段以取得事业上的成功。这种舍小节而顾大局的做法被视为正当，其前提是公众的利益为归依，而在伦理上的解释则是公众道德不同于私人道德，目的纯正则不妨手段不纯。李贽的这些方面的看法，和欧洲哲学家马基雅弗利（Machiavelli）极其相似。
李贽重视历史上对财政经济问题有创造性的执政者。他推崇战国的李悝、汉代的桑弘羊、唐代的杨炎，但是对宋代的王安石却缺乏好感。这当然并非因为王安石在道德上遭到非议，而是因为他的才力不逮他的宏愿，“不知富强之术而必欲富强”。与上述的论点相联系，李贽更为大胆的结论是一个贪官可以为害至小，一个清官却可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞过于拘泥于传统的道德，只是“万年青草”，“可以傲霜雪而不可以任栋梁者”。对于俞大猷和戚继光，李贽极为倾倒，赞扬说：“此二老者，固嘉、隆间赫赫著闻，而为千百世之人物者也。”在同时代的人物中，他最崇拜张居正，称之为“宰相之杰”，“胆如天大”。张居正死后遭到清算，李贽感到愤愤不平，写信给周思敬责备他不能主持公道，仗义执言，但求保全声名而有负于张居正对他的知遇。
李贽和耿定向的冲突，许多当代的哲学史家把原因归之于他们经济地位的不同。李贽属于地主阶级的下层，所以他对传统有反抗的倾向；耿定向是大地主，所以偏于保守。
这种论点缺乏事实的根据。耿家在黄安确实是有声望的家族，但是李贽的后半生，却一直依附于这样的家族而得以维持相当优裕的生活。他与耿定向决裂以后，随即投奔麻城周家，依靠周思敬和周思久。这周家作为地主望族，较之耿家毫无逊色，何况两家又是姻家世好。另外还有梅家，其社会地位也与耿、周二家相埒。当年麻城（黄安初属麻城，1563年始分治）士人进学中举，几乎为这三家包办。在麻城的时候，李贽还和梅国桢过从甚密，梅国桢后来为《焚书》写作了序言。在晚年，李贽又和漕运总督刘东星有极深的交往。刘东星为沁水人，不仅自己身居高位，而且把女儿嫁给了山西阳城的大族王家，成了户部尚书王国光的姻亲。在盛名之下，甚至连亲藩沈王也对李贽感觉兴趣，邀请他去作客。李贽托言严冬不便就道，辞谢未赴。他的最后一位居停为马经纶。此人官居御史，家住通州，赀财富有。他特意为李贽修造了一所“假年别馆”，并且拨出果园菜圃和另一块土地，雇人耕种，以收入作为其客居的供应之资。在李贽的朋友辈之中，惟有焦竑家道清贫，但却无妨于这一家在上层社会中的地位。总之，李贽所交往的人都属于社会的上层，而且是这个阶层中的优秀分子。
李贽本人的著作以及有关他的传记资料，从来没有表示出他有参加任何群众运动的痕迹或者企图。他对于工业农业的技术改进和商业的经营管理都毫无兴趣。他的所谓“吃饭穿衣即是人伦物理”，不过是要求高级的官僚以其实际的政绩使百姓受惠，而不是去高谈虚伪的道德，崇尚烦琐的礼仪。但这并不表示李贽自己有意于实践，而只能表示他是一个提倡实践的理论家。至于他对女性的看法，也常常被后人误解。他不承认女性的天赋低劣，在他看来，历史上有一些特殊的女性甚至比男人还要能干，比如他就屡次称颂武则天为“好后”。但是赞扬有成就的女性，并不等于提倡男女平权，宣传妇女解放。一个明显的证据是李贽对寡妇的守节，其褒扬仍然不遗余力。
十分显然，李贽没有创造出一种自成体系的理论，他的片段式的言论，也常有前后矛盾的地方。读者很容易看出他所反对的事物，但不容易看出他所提倡的宗旨。
但是这种前后不一并不能算做李贽最大的缺点。有创造力的思想家，在以大刀阔斧的姿态立论的时候，也不是不能见到自相矛盾的地方。卢梭倡导的个人自由，在他的铺张解说之下，反而成了带有强迫性的为公众服务的精神。李贽的这种矛盾，在古今中外并非罕见。
如果把李贽的优越感和矫饰剔除不计，那么，他的思想面貌还是不难于认识的。他攻击虚伪的伦理道德，也拒绝以传统的历史观作为自己的历史观，但是在更广泛的范围内，他仍然是儒家的信徒。芝佛院内供有孔子像，他途经山东，也到曲阜拜谒孔庙。在李贽看来，儒家的“仁”、道家的“道”和佛家的“无”彼此相通，他攻击虚伪的道德，但同样不背弃道德。
在一种社会形态之中，道德的标准可以历久不变，但把这些标准在生活中付诸实践，则需要与不同的时代、环境相适应而有所通变。李贽和他同时代的人物所遇到的困难，则是当时政府的施政方针和个人的行动完全凭借道德的指导，而它的标准又过于僵化，过于保守，过于简单，过于肤浅，和社会的实际发展不能适应。本朝开国二百年，始终以“四书”所确定的道德规范作为法律裁判的根据，而没有使用立法的手段，在伦理道德和日常生活之间建立一个“合法”的缓冲地带。因为惟有这种缓冲地带才能为整个社会带来开放的机能，使政府的政治措施得以适合时代的需要，个人独创精神也得以发挥。
这种情况的后果是使社会越来越趋于凝固。两千年前的孔孟之道，在过去曾经是领导和改造社会的力量，至此已成为限制创造的牢笼。在道德的旌旗下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分，无怪乎李贽要概乎言之：“其流弊至于今日，阳为道学，阴为富贵！”
如果李贽在某种程序上表现了言行的一致，那么唯一合理的解释也只是他在追求个性与行动的自由，而不是叛离他衷心皈依的儒家宗旨。李贽弃官不仕，别妇抛雏，创建佛院，从事著作，依赖官僚绅士的资助而生活，一直到他在法官面前坚持说他的著述于圣教有益无损，都不出于这样的原则。
对现状既然如此反感，李贽就对张居正产生了特别的同情。我们无法确知李贽和张居正是否见过面，但是至少也有共同的朋友。李贽的前后居停，耿定向和周思敬，都是张居正的亲信。耿定向尤为张居正所器重，1578年出任福建巡抚，主持全省的土地丈量，乃是张居正发动全国丈量的拭探和先声。两年之后，张居正以皇帝的名义发布了核实全国耕地的诏书，意图改革赋税，整理财政。这是张居正执政以来最有胆识的尝试，以他当时的权力和威望，如果不是因为突然去世，这一重大措施很可能获得成功。
张居正少年时代的课业，曾经得到当地一位官员的赏识。此人名李元阳，字中（奚＋谷）。他的一生与李贽极为相似：在中年任职知府以后即告退休，退休以后也以释门弟子而兼儒家学者的姿态出现。据记载，他和李贽曾经见过面。
由于李元阳的影响，张居正早就对禅宗感到兴趣。这种兴趣促使他在翰林院供职期间就和泰州学派接近，并且阅读过王艮的著作，考虑过这种学术在政治上实用的可能性。也许，他得出的最后结论是，这一派学说对于政治并不能产生领导作用。也有人指斥张居正因为要避免学术上的歧异而施用政治上的迫害，最显著的例子是把泰州学派中的佼佼者何心隐置之于死地，但李贽则力为辩护，认为何心隐之死与张居正无关。
然则，张居正用什么样的理论来支持自己的胆识和行动？他的施政方针，即便不能算偏激，但是要把它付之实现，必须在组织上作部分的调整和改革。而文官集团所奉行的原则，却是严守成宪和社会习惯，遏制个人的特长，以保持政府和社会的整体均衡。张居正在理论上找不到更好的学说，就只能以自己的一身挺立于合理和合法之间，经受来自两方面的压力。他声称己身不复己有，愿意充当铺地的席子，任人践踏以至尿溺，这正和李贽所说不顾凡夫俗子的浅薄批评相似。张居正写给李元阳的信，引用了《华严悲智偈》中的“如入火聚，得清凉门”两句偈语，也就是说一当自己把名誉的全毁置之度外，就如同在烈火之中找到了清凉的门径。这显然又是心学派的解释：对于客观环境，把它看成烈焰则为烈焰，看成清凉则为清凉。
张居正在政治上找不到出路，其情形类似于李贽在哲学上找不到出路。创造一种哲学思想比较容易，因为它是哲学家个人意识活动的产物。但是宣布一种政治思想，以之作为治国的原则，其后果则为立竿见影，它必须在技术上符合现状，才能推行无碍。在本朝的社会中，儒家的仁，类似于宪法的理论基础。全国的读书人相信性善，则他们首先就应该抑制个人的欲望，不去强调个人的权利。扩而大之，他们一旦位列封疆或者职居显要，也就不能强调本地区、本部门的特权。例如东南各省本来可以由海外贸易而获大利，但由于顾全大体，没有坚持这种特别的经济利益，就得以保持全国的政治的均衡。在这种以公众利益为前提的条件下，政府中枢才有可能统一管理全国，而无须考虑各地区、各部门以及各个人的特殊需要。这是一种笼统的办法，也是一种技术上简陋和没有出息的办法。
在本书的前面几章曾不止一处的提到，我们的帝国是由几百万个农村聚合而成的社会。数以千万计的农民不能读书识字，全赖乎士绅的领导、村长里甲的督促，他们才会按照规定纳税服役。在法律面前，他们享有名义上的平等，而实际上，他们的得失甚至生死，却常常不决定于真凭实据而决定于审判官的一念之间。本朝的法律也没有维持商业信用、保障商业合同的规定，以此国际贸易无法开放，否则就会引起无法解决的纠纷。各地区按照其特殊需要而立法，更不能受到鼓励，因为会酿成分裂的局面。至于在文官集团内部，也无法通过组织系统集中这两万人的意见，必须假借谐音讽喻、匿名揭贴以及讨论马尾巴等等离奇的方法，混合阴阳，使大家在半信半疑之间渐趋统一。以上种种情况，在长时期里造成了法律和道德的脱节。治理如此庞大的帝国，不依靠公正而周详的法律，就势必依靠道德的信条。而当信条僵化，越来越失去它的实用价值，沦于半瘫痪状态中的法律也当然无法填补这种缺陷。
如果本朝的统治者感到了此路不通，企图改弦易辙，则必然会导致社会成员以自存自利为目的，天赋人权的学说又必然如影随形地兴起，整个社会就将遭到根本性的冲击。但是这种局面，在欧洲的小国里，也要在几百年之后，等市民阶级的力量成熟，才会出现，张居正和李贽不必为此而焦虑。事实上，他们也不可能看得如此长远，他们企盼的自由，只是优秀分子或者是杰出的大政治家不受习俗限制的自由。
张居正是政治家，李贽是哲学家，他们同样追求自由，有志于改革和创造，又同样为时代所扼止。李贽近于马苦雅弗利，但是他的环境不容许他像霍布斯和洛克一样，从个人主义和唯物主义出发构成一个新的理论体系。他察觉到自己有自私自利的一面，别人也是如此，但他不能放弃孔子所提倡的仁。这样，他只好在形而上学中找到安慰－－世间的矛盾，在“道”的范畴中得到调和而且消失。这在心学中也有类似的理论，即至善则无形，至善之境就是无善无不善。
这样的唯心主义已经带上了神秘的色彩，很难成为分析历史现象的有效工具。而另一方面，他思想中唯物主义的部分也并不彻底。这使李贽不可能从根本放弃以伦理道德为标准的历史观，因之自相矛盾的评论随时会在他笔下出现。比如他赞成寡妇守节殉夫，但对卓文君的私奔，又说是“归凤求凰，安可诬也”。他斥责王莽、张角，但又原谅了很多历史人物，有如五代史中的冯道。这些人物的所作所为和当时的道德规范不相符合，李贽认为情有可原。因为，从长远来看，他们为国家人民带来了更多的利益。这些以远见卓识指导自己行动的人物，足以称为“上人”，而李贽自己能作出这种评论，则成了“上人”之上的“上上人”。
这些在理论上缺乏系统性的观点，集中在他编订的《藏书》之中。李贽对这部书自视甚高，称之为“万世治平之书，经筵当以进读，科场当以选士，非漫然也”，并且预言“千百世后”，此书必行。他认识到，他的观点不能见容于他所处的社会，然而这个社会需要如何改造才能承认他的观点，在书中却不着一字。在今天的读者看来，他心目中的“千百世后”，皇帝仍然出席经筵，科场仍然根据官方所接受的历史观取士，则仍为一个矫饰的社会。
1601年初春，芝佛院被一场人为的火灾烧得四大皆空。据说纵火者乃是当地官吏和缙绅所指使的无赖。这一案情的真相始终未能水落石出，但却肯定与下面的一个重要情节有所关联。
李贽在麻城的支持者梅家，是当地数一数二的大户，家族中的代表人物梅国桢又正掌理西北军事。梅国桢有一个孀居的女儿梅澹然曾拜李贽为师，梅家的其他女眷也和李贽有所接触。这种超越习俗的行动，在当时男女授受不亲的上层社会里，自然引起了众人的侧目而视。但是李贽对舆论不加理睬，反而毫我顾忌地对澹然和她的妯娌大加称赞。他和她们往来通信，探讨学问。他著作中所提到的“澹然大师”、“澄然”、“明因”、“善因菩萨”等等，就是这几位女士。他说：“梅澹然是出世丈夫，虽是女身，男子未易及之。”又说：“此间澹然固奇，善因、明因等又奇，真出世丈夫也。”他在著作中，理直气壮地辩解自己和她们的交往完全合于礼法，毫无“男女混杂”之嫌，但是又不伦不类地写下了“山居野处，鹿豕犹以为嬉，何况人乎”这些话。他把澹然比为观世音，并把和这几位女士谈论佛学的文稿刊刻，题为《观音问》。他还有一首题“绣佛精舍”的诗：“闻说澹然此日生，澹然此日却为僧。僧宝世间犹时有，佛宝今看绣佛灯。可笑成男月上女，大惊小怪称奇事。陡然不见舍利佛，男身衰隐知谁是？我劝世人莫浪猜，绣佛精舍是天台。天欲散花愁汝着，龙女成佛今又来！”
写作这些诗文函件的时候，李贽已年近七十，而且不断声称自己正直无邪，但是这些文字中所流露的挑战性，无疑为流俗和舆论所不能容忍。反对者举出十余年前李贽狎妓和出入于孀妇卧室的情节，证明他的行止不端具有一贯性；对这种伤风败俗的举动，圣人之徒都应该鸣鼓而攻之。
事情还有更为深刻和错综的内容。李贽的这种行动，在当时的高级官僚看来，可以视为怪僻而不必和公共道德相联系。但下级地方官则不能漠然置之。因为他们负责基层的行政机构，和当地绅士密切配合，以传统思想作为社会风气的准则，教化子民。他们的考成也以此为根据。李贽的言行既然有关风化，也就是官僚绅士的切身利益有关。然而如果把问题仅仅停留在这一点上，也还是皮相之谈。因为对官僚绅士自己来说，行为不检甚至涉及淫乱，本来是所在多有，毫不足怪。如果他们本人不事声张，旁人也可以心照不宣。李贽究竟无邪还是有邪，可以放在一边不管，关键在于他那毫无忌惮的态度。他公然把这些可以惹事生非的情节著为文字，而且刊刻流传，这就等于对社会公开挑战，其遭到还击也为必然。而且，他的声名愈大，挑战性就愈强烈，地方官和绅士也愈不能容忍，对他进行惩罚已属责无旁贷。这些人雇佣地痞打手焚烧芝佛院，行为可谓卑劣怯弱，但在他们自己看来，则属于卫道。
这次事件已经早有前兆。5年之前，即1569年，有一位姓史的道台就想驱逐李贽。仅仅因为李贽的朋友很多，而且大多是上层人物，这位道台才不敢造次，只是放出风声要对他依法处理。李贽对这种恐吓置若罔闻，于是史道台又声称芝佛院的创建没有经过官方批准，理应拆毁，李贽答辩说，芝佛院的性质属于私人佛堂，其创建“又是十方尊贵大人布施俸金，盖以供佛，为国祈福者”。答辩既合情合理，再加上知名人士从中疏通，这位道台没有再别生枝节，而李贽则自动作了一次长途旅行，离开麻城前后约计4年。他在山西访刘东星，登长城，然后买舟由大运河南返，在南京刊刻《焚书》，1600年又回到芝佛院。这次招摇的旅行使当地官绅更为痛心疾首，而尤其糟糕的是，他居然在给梅澹然的信上说麻城是他的葬身之地。是可忍，孰不可忍，官绅们既想不出更好的办法，只好一把火烧了他的栖身之地。
事变发生以后，马经纶闻讯从通州赶来迎接李贽北上，并且慷慨地供应他和随从僧众的生活所需，使李贽的生活得以保持原状。在通州，也经常有朋友和仰慕者的拜访和请益，因此生活并不寂寞。
在生命中的最后一年里，他致力于《易经》的研究。因为这部书历来被认为精微奥妙，在习惯上也是儒家学者一生最后的工作，其传统肇始于孔子。李贽既已削发为僧，他已经了解到，所谓“自己”只是无数因果循环中间的一个幻影；同时根深蒂固的儒家历史观，又使他深信天道好还，文极必开动乱之机，由乱复归于治，有待于下一代创业之君弃文就质。在1601年，李贽提出这一理论，真可以说切合时宜，也可以说不幸而言中。就在这一年，努尔哈赤创立了他的八旗制度，把他所属的各部落的生产、管理、动员、作战归并为一元，改造为半现代化的军事组织。而也是仅仅两年之前，这个民族才开始有了自己的文字。就凭这些成就，努尔哈赤和他的儿子征服了一个庞大的帝国，实质上是一个单纯的新生力量接替了一个“文极”的王朝。所谓“文极”，就是国家社会经济在某些方面的发展，超过了文官制度呆板的管制力量，以致“上下否隔，中外睽携”。努尔哈赤的部落文化水平低下，但同时也就在“质”上保持着纯真。舍此就彼，泰否剥复，也似乎合于《易经》的原则。
然而在这易代的前夕，李贽又如何为自己打算呢？即使其时李贽还不是古稀的高龄，他也用不着考虑这个问题了。因为问题已经为礼科给事中张问达所解决。张问达递上了一本奏疏，参劾李贽邪说惑众，罪大恶极。其罗织的罪状，有的属于事实，有的出于风传，有的有李贽的著作可以作证，有的则纯出于想当然。其中最为耸人听闻的一段话是：“尤可恨者，寄居麻城，肆行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引士人妻女入庵讲法，至有携衾枕而宿庵观者，一境如狂。又作《观音问》一书，所谓观音者，皆士人妻女也”。接着，给事中提醒万历皇帝，这种使人放荡的邪说必将带来严重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”此外，由于李贽妄言欺世，以致佛教流传，儒学被排挤，其情已极为可怕：“迩来缙绅大夫，亦有唪咒念佛，奉僧膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为皈依，不知遵孔子家法而溺意于禅教沙门者，往往出矣。”而最为现实的危险，还是在于李贽已经“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”。
皇帝看罢奏疏之后批示：李贽应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。
在多数文官看来，李贽自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李贽被捕之日，天主教传教士、意大利人利玛窦（此人和李贽也有交往）早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学士尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲慈圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为礼部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用佛经，但是在1599年，即李贽被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学士，他在正精研“道藏”和“佛藏”。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李贽，毕竟不能算做理直气壮。
但是因为另一方面，李贽之所以罪有应得，则在于张问达的奏疏具有煽动的力量，而他使用的“罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。
从各种有关的文字记载来看，李贽在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回籍了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。
一天，李贽要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自刎，但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李贽作了一次简单的对话。当时李贽已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：
问：“和尚痛否？”
答：“不痛。”
问：“和尚何自割？”
答：“七十老翁何所求！”
据说，袁中道的记载，在自刎两天以后，李贽才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则称李贽“不食而死”。
从个人的角度来讲，李贽的不幸，在于他活的时间太久。如果他在1587年即万历十五年，也就是在他剃度为僧的前一年离开人世，四百年以后，很少再会有人知道还有一个姚安知府名叫李贽，一名李载贽，字宏父，号卓吾，别号百泉居士，又被人尊称为李温陵者其事其人。在历史上默默无闻，在自身则可以省却了多少苦恼。李贽生命中的最后两天，是在和创伤血污的挣扎中度过的。这也许可以看成是他15年余生的一个缩影。他挣扎、奋斗，却并没有得到实际的成果。虽然他的《焚书》和《藏书》一印再印，然而作者意在把这些书作为经筵的讲章，取士的标准，则无疑是一个永远的幻梦。
我们再三考虑，则又觉得当日李贽的不幸，又未必不是今天研究者的幸运。他给我们留下了一份详尽的记录，使我们有机会充分地了解当时思想界的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱熹和王阳明的是非长短，由于李贽的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李贽的著作，使我们得到从另一个角度观察的机会。
当一个人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。
1587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者晏安耽乐，首辅的独裁或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。
